天子非常恐惧，一言不发，任由诸位大臣们操办一切。大臣们若征询他的意见，他就点头，不敢有半句说词。

王允举荐太尉杨彪参隶尚书事，主掌国事。今日大汉有五公，太师董卓被诛杀，太傅刘虞远在幽州，朝中三公以太尉为首，当然应该由杨彪主掌国事。

杨彪当即请辞。此次之所以能成功诛杀叛逆董卓，司徒王允当居首功，这一切都要归功于他数年来的精心筹划。杨彪和淳于嘉等大臣一致举荐王允主掌国事。

天子随即下旨，以司徒王允参隶尚书事，主掌国事。

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王允奏请天子，立即把董卓犯有十大重罪，已经伏诛的消息诏告天下，并下旨捉拿董卓的宗族门生故吏，所抓捕者，一律诛杀三族，抄没家财。

关中三辅的扶风、冯翊两郡早已被王允控制，京兆尹的大部分县吏也是王允的人，所以王允奏请天子，尽快任命一个新的京兆尹，以安抚京兆各地。

王允同时还表奏了诸多急待处理的国事，比如立即急诏各地州郡上表呈述，废除小钱重新使用五铢钱等等，天子一一准奏。

在王允等大臣准备告退的时候，天子犹豫了半天，还是忍不住胆战心惊地提了一个小小的要求，既然董卓已经死了，那就把他埋了，不要挫骨扬灰了。

王允非常激动，断然拒绝，“董卓罪恶滔天，罄竹难书。挫骨扬灰，已经很便宜他了。”

天子面色苍白，低头颤抖。

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董卓的尸体被剁成碎块，焚烧成灰，撒于驰道。董氏宗族子弟被杀一净，葬于乱坟岗。董卓的诸多亲信故吏被全家抄斩，丧命者多达五千多人。

在皇甫嵩、吕布等人的极力劝阻下，王允退了一步，没有把北军数十名军吏的家眷关进大牢，而是暂时监禁了起来。

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第二天朝议，王允奏请天子下旨，要求牛辅、李傕、郭汜、王方、贾诩等北军将领立即回京述职，如若迟迟不归，则以谋反论处，诛杀九族。